Pemerintah telah mengambil tindakan tegas terhadap kasus kekerasan seksual yang terjadi di beberapa pesantren. Wakil Menteri Agama, Romo Muhammad Syafi'i, menyatakan bahwa Kementerian Agama (Kemenag) akan mencabut izin terdaftar sejumlah pondok pesantren yang terbukti ada kekerasan seksual di dalamnya.
Evaluasi tidak hanya dilakukan terhadap pelaku, tetapi juga terhadap pihak-pihak yang mengetahui adanya dugaan penyimpangan namun tidak mengambil tindakan. "Langkah yang diambil oleh Kemenag sudah mencabut izin, tidak boleh menerima santri baru, mereka yang dianggap tahu tetapi tidak berbuat sudah dinonaktifkan, dan pelakunya sudah diproses secara hukum," kata Syafi'i.
Pelaku kekerasan seksual harus dihukum seberat-beratnya apabila terbukti bersalah secara hukum. Tindakan kekerasan seksual tidak hanya menimbulkan trauma bagi korban, tetapi juga merusak kepercayaan masyarakat terhadap pesantren sebagai lembaga pendidikan dan pembentukan karakter.
Kemenag juga telah mencabut izin beberapa pondok pesantren, antara lain Izin Terdaftar Pondok Pesantren Ndolo Kusumo di Desa Tlogosari, Kecamatan Tlogowungu, Kabupaten Pati, Jawa Tengah, menyusul kasus dugaan kekerasan seksual oleh pengasuh pondok terhadap santriwati. Sebanyak 252 santri telah dipulangkan kepada orangtua masing-masing dan sementara mengikuti pembelajaran secara daring.
Kemenag akan melakukan asesmen untuk menentukan proses pemindahan santri ke pondok pesantren maupun madrasah lain. Sementara itu, Kemenag Provinsi Lampung yang tengah memproses pencabutan Izin Terdaftar Pondok Pesantren Nurul Jadid di Kabupaten Mesuji setelah muncul dugaan kekerasan seksual terhadap santriwati.