Jaksa penuntut umum Kejaksaan Agung menyoroti dugaan adanya organisasi bayangan dalam perkara dugaan korupsi pengadaan Chromebook Kemendikbud yang menyeret mantan Mendikbudristek, Nadiem Makarim, sebagai terdakwa. Menurut jaksa, keberadaan organisasi bayangan tersebut berbahaya karena membuat proses pengambilan kebijakan strategis di kementerian berjalan di luar sistem birokrasi resmi.
Jaksa Roy Riady mencontohkan percakapan elektronik tertanggal 6 Mei yang memuat perintah "Go ahead with Chromebook". Menurut jaksa, percakapan itu diperkuat oleh dua keterangan saksi serta bukti dokumen yang diajukan dalam persidangan. "Tanggal 6 Mei Pak Nadiem itu mengatakan 'Go ahead with Chromebook'. Apa buktinya? Dua keterangan saksi. Apa lagi? Bukti dokumen," ujar Roy.
Jaksa juga menyinggung percakapan lain pada 27 Mei yang disebut memperkuat dugaan bahwa seluruh proses pengadaan berjalan berdasarkan arahan langsung menteri. "Tetapi bukti dokumen yang kita dapatkan percakapan 27 Mei itu dikatakan oleh Hamid selaku Plt Dirjen mengatakan 'Berdasarkan arahan Mas Menteri'. Artinya semua rapat setelah itu menindaklanjuti semua arahan menteri," ucap Roy.
Roy menilai tata kelola di Kemendikbud saat itu tidak berjalan sesuai prinsip Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik (AUPB), terutama dalam aspek transparansi, akuntabilitas, dan profesionalisme birokrasi. "Nah, secara yang benar kita ingatkan dalam aturan itu ada prinsip namanya Asas-Asas Umum Pemerintahan yang Baik. Bagaimana kementerian itu dikelola berdasarkan asas transparansi, akuntabel, dan profesional. Nah, ini tidak berjalan di kementerian," katanya.
JPU kemudian menyoroti kondisi birokrasi di Kemendikbud saat itu yang disebut dipenuhi pejabat berstatus pelaksana tugas (Plt). Menurutnya, para direktur jenderal dan direktur tidak diangkat secara definitif sehingga tidak memiliki keleluasaan menjalankan fungsi birokrasi. "Apa buktinya? Semua Dirjen, semua direktur di-PLT-kan dan mereka tidak bisa diaktifkan," kata Roy.